Hola Nicolas.
no tengo mucha experiencia con las cryptometrias, pero leyendo tu consulta, indicas que el sustrato ya esta casi colapsado. entonces creo que lo aconsejable es renovarlo. podrias plantar en un contenedor más grande y agregar más tierra mezclada con piedras para mejorar el drenaje.
si el arbol goza de buena salud lo podrias trabajar un poco más. de lo contrario siempre hay tiempo para cortar algo más.
en lo personal trabajo las coniferas en otoño e invierno, realizando transplantes y podas,
Si te decides a algo más, te suguiero ir de a poco. es decir no cortes ni tanta raiz, ni saques tantas ramas. el bonsai es paciencia y los trabajos tienen mejores resultados a mediano y largo plazo. seguramente la raices son largas y tienen mayor desarrollo en los extremos.
A continuación las respuestas a tus preguntas:
1.- aclareo de ramas y poda de raices a la vez (quizás muy drástico para una conífera?)
R: los juniperos aguantan bien, los pinos no, te sugiero no hacerlo si no tienes conocimiento de como reaccionara.
2.- aclareo de ramas y poda de raices el proximo año (he leido que es probable que algunas raices mueran al tener menos ramas que abastecer, con la consiguiente podredumbre)
R: creo que siempre es aconsejable para tener ramificacin más cerca del tronco, no elimines toda la rama, solo hasta un brote. si eliminas una rama completa podria ocurrir lo que mencionas.
3.- poda de raices, y aclareo el próximo otoño (me parece la menos confiable, por la muy propable descompensacion por la gran cantidad de ramas que tiene el arbolito)
R: es como dices si dejas muchas ramas y pocas raices la deshidratación ocurrira inevitablemente, no lo hagas.
4.- alguna otra?
R: como te comente en un principio, ir de a poco. mejorar el drenaje (contenedor más grande mejor sustrato), poda de ramas no completamente. ya el próximo año (otoño) transplantar a un contenedor más pequeño, quizas sacar algo de tierra en el 1er tercio exterior cuidadosamente.
te aconsejo ver: Diseño y evolución de un Tejo (Taxus) que publique hace un tiempo, para que veas como fui bajando poco a poco el tamaño del contenedor.
Saludos.
Daniel.